Viollet-le-Duc fue el responsable de la restauración de la abadía de Saint Denis, el 14 de noviembre de 1846. Su primera preocupación fue desmontar la Torre Norte y después la de la aguja reconstruida por François Debret antes de su dimisión. Cuando terminó esta tarea, emprendió la restauración del interior del edificio.
Procedente de una familia de la gran burguesía, Eugène Emmanuel Viollet-le-Duc (1814-1879) fue un hombre hecho a sí mismo. Se negó a asistir a la escuela de bellas artes y se formó en el arte arquitectónico mientras viajaba por Francia e Italia. Sus estudios no se limitaron a la arquitectura y Viollet-le-Duc se interesó también por los muebles, la ropa, los instrumentos musicales, el armamento...
Prosper Mérimée, entonces inspector general de monumentos históricos, lo puso en marcha al confiarle la renovación de Vézelay. Este fue el comienzo de una carrera atípica. A pesar de haber construido poco, Viollet-le-Duc dominó la arquitectura francesa de 1840 a 1870 con las numerosas restauraciones medievales que emprendió desde Notre-Dame en París hasta la basílica de Saint-Denis.
Viollet-le-Duc fue también un historiador y, en particular, un teórico de la arquitectura. Sus conocimientos históricos estaban estrechamente ligados a los de un restaurador, ya que realizó numerosos estudios sobre el terreno, trabajos sobre los edificios existentes, dibujos y pintura a la tinta.
En Saint-Denis, Viollet-le-Duc puso en práctica sus principales principios teóricos sobre la arquitectura. Hostil a los materiales considerados como modernos, como el hierro, favoreció la estructura arquitectónica del edificio en detrimento de la decoración y de la diversidad de añadidos realizados a lo largo de la historia. Según él, "restaurar un edificio no es mantenerlo, repararlo o volverlo a hacer, es devolverlo a un estado completo que quizá nunca haya existido en un momento dado".
En cualquier caso, recién nombrado en Saint-Denis, se le pidió principalmente que comprobara si la demolición de la torre norte era imprescindible antes de la reconstrucción de la aguja. Lo confirmó y comenzó a desmantelar.
En el Atlas histórico de Saint-Denis, publicado bajo la dirección de Michaël Wyss, encontramos extractos del "Journal des travaux de l'église royale de Saint-Denis", iniciado el 14 de enero de 1847 y conservado por el arquitecto Marc Mesnage. Está adornado con registros del ilustrador Destor y bocetos y notas de Eugène Cabillet, subinspector de la iglesia real de Saint-Denis, cuyo despacho estaba situado bajo los arcos de la torre norte, en la base de la aguja. "103 escalones arriba", dijo y anotó el propio Eugène Viollet-le-Duc. Este cuaderno de bitácora es valioso porque revela no sólo las diferentes etapas de la demolición de la torre norte, sino también las demás subidas y bajadas del lugar.
Así, nos enteramos de que en el interior de la mampostería se encontraron numerosos vestigios antiguos, que datan de la primera construcción, como piedras astilladas que parecen proceder de la antigua torre del siglo XII sobre la que se encontraba la aguja de madera de Suger, o una piedra plana tallada que representa "un cuadrúpedo fantástico que parece ser un resto de una construcción anterior que se remonta quizás al siglo XI al XII, tal vez al IX" o incluso una tumba en el fondo de un pozo de desagüe.
Eugenio Cabillet utilizó este tronco para liberarse de los trabajos de consolidación no realizados en la torre que condenaba a François Debret en su momento. En su informe del 27 de agosto de 1847, hizo constar las graves grietas que había observado desde 1840 y sobre las que realizó bocetos que entregó a Debret. Según él, Debret no pensó nada en ese momento pero se aterrorizó por ello más tarde. Después de muchos relatos que anuncian sus temores a partir de 1840, Eugène Cabillet concluye "Por eso transcribo hoy, dos días antes de mi partida de Saint-Denis, (...) esta última observación, que me llevó a pensar en las consecuencias de todas las restauraciones realizadas sin una ciencia directa y particular", que no habrían tenido tanto impacto en la construcción "si se hubiera trazado un programa estudiado".
En la demolición intervinieron numerosos trabajadores, canteros, albañiles, carpinteros, vidrieros, peones, a veces hasta cuarenta y siete personas según Cabillet, en función de los trabajos en curso en un momento dado. Las visitas de Viollet le Duc a la obra se registran fielmente en este diario. El 16 de abril de 1847, el arquitecto ordena excavaciones al pie de la torre para comprobar los cimientos. Unos días más tarde, el 27, los obreros de la albañilería descubrieron en una de estas excavaciones pequeñas monedas de cobre que entregaron concienzudamente al capataz de la obra. Para recompensar su honestidad, Viollet le Duc les dio cinco "talentos" (El solidus aureus - la moneda de oro de Constantino, era el equivalente a 6 000 monedas de cobre, que representaban un talento. Además, la moneda de oro a veces se llamaba así y podemos suponer que Viollet-le-Duc dio cinco monedas de oro a estos trabajadores).
A medida que avanzaban las demoliciones, Viollet-le-Duc realizaba sus planos, secciones transversales y elevaciones a las diferentes nivelaciones. Por eso, a pesar de su desaparición, la Torre Norte es bien conocida por los arquitectos de hoy. Así, el descubrimiento de un sistema de arriostramiento transversal y de encadenamiento en la parte superior fue especialmente interesante. Esto nos recuerda que el sistema de arriostramiento cruzado es la disposición de las piezas de madera (o a veces de mampostería) que sostienen las paredes de una excavación o que sostienen un componente en un edificio, como la torre aquí. En cuanto al sistema de encadenamiento, se utilizaban cadenas de eslabones para formar varillas horizontales y evitar así que se disociara la cantería de la estructura.
Tras la demolición de la Torre Norte, el arquitecto emprendió la restauración del interior del edificio. Pretendía devolver a la basílica sus imponentes volúmenes y la decoración estándar y original a las capillas abaciales. Comenzó por eliminar toda la decoración que se había acumulado desde la primera mitad del siglo XIX en la cripta y en las capillas ambulatorias.
Durante el verano de 1847, Viollet-le-Duc derribó los muros que François Debret había mandado construir en el antiguo acceso a la cripta. Según Marc Mesnage, "el plano del interior de la cripta era bastante amplia". " Así, el muro que cerraba las bóvedas donde se depositaban los huesos de los reyes también estaba enterrado. Los trabajos de demolición se hicieron con cuidado para proteger y conservar las esculturas de capiteles romanos (en la parte superior de las pilastras) diseñadas en los muros.
La demolición de las bóvedas construidas en 1806 reveló una bóveda del siglo XII y un arco construido por Suger. Bajo la bóveda había un sistema de arcadas ciegas (una serie de arcadas de pequeñas dimensiones) cuyas bases seguían en pie pero cuyos capiteles y columnas habían desaparecido. Sólo se veían restos de ábacos (losa de piedra situada en el centro de la columna, que coronaba y reforzaba el capitel). En cuanto al arco de la época de Suger, estaba sostenido por una columna, ya no existe pero estaba indicado en los antiguos planos y sólo quedan los ábacos así como el arco.
En cuanto a la decoración, en 1794 se encontraron vestigios de pinturas medievales especialmente visibles en las pequeñas columnas del coro y de la capilla Carolina. El uso de la policromía fue una idea de Debret, que utilizó esta práctica para pintar la basílica por completo gracias a la información que aprendió de los vestigios. Comenzó las obras de restauración de las capillas y del deambulatorio. Nació entonces la controversia sobre el uso de la pintura al óleo en lugar de la pintura a la cola, en concreto la cuestión sobre el uso de mate o brillo. Viollet-le-Duc utilizó este argumento para despojarse de todo, borrando para siempre las pinturas al óleo y las decoraciones de Debret, pero también los únicos rastros de auténtica policromía medieval en Saint-Denis.
La restauración de estas dos capillas comenzó el 7 de enero de 1848 y no se terminó hasta octubre. Al igual que en la cripta, Viollet-le-Duc comenzó a eliminar todas las huellas de las restauraciones anteriores, incluidas las pinturas de François Debret y las seis columnas de mármol negro diseñadas por Legrand (que pesaban 1.500 kg cada una), que fueron sustituidas por pequeñas columnas de piedra idénticas a las del transepto (pasillo transversal de una iglesia) y diseñadas por Viollet-le-Duc.
El 17 de enero, las excavaciones de la Chapelle de la Vierge permitieron encontrar antiguos mosaicos y azulejos ornamentales de cerámica que cubrían el suelo. La excavación también reveló la ubicación del altar original. En los escombros se encontraron fragmentos de esculturas del siglo XII o XIII, que parecían haber formado parte del altar de la capilla de la Virgen, así como estructuras de capiteles. Informado, Viollet-le-Duc ordenó que se retirara completamente el pavimento moderno y que se tuviera mucho cuidado con las baldosas antiguas o con cualquier fragmento de esculturas que se encontrara durante esta excavación.
Al día siguiente, el suelo de la capilla de la Virgen quedó completamente al descubierto, revelando un mosaico de terracota que cubría todo el suelo, excepto donde se encontraba el primitivo altar. Unos días más tarde, una delegación compuesta por arquitectos de edificios públicos y representantes de la inspección general de edificios, entre los que se encontraba Prosper Mérimée, acudió a presenciar este importante descubrimiento. Muy interesado, Mérimée ordenó el mismo tipo de excavación en las dos capillas contiguas: Saint-Cucuphas y Sainte-Geneviève.
Las excavaciones resultaron positivas y se descubrieron azulejos antiguos en las otras dos capillas, así como la ubicación original de los altares. En la excavación de la capilla de San Lucas se descubrió un trozo del antiguo tabernáculo que data del siglo XIII y que aún conserva restos de pintura y decoración dorada.
Los pavimentos descubiertos eran tanto de baldosas de cerámica como de piedras talladas y grabadas con masilla y mosaico. A partir de estos hallazgos, Viollet-le-Duc propuso una restauración arqueológica del suelo. El trabajo fue largo y tedioso, ya que los recursos financieros eran insuficientes.
En 1859, Eugène Viollet-le-Duc recibió el encargo de Napoleón III de construir una bóveda destinada a albergar las tumbas de la familia imperial. En su plan, fechado el 1 de marzo de 1859, el arquitecto intentó devolver el coro a su estado inicial antes de la restauración y las diferentes transformaciones y la bóveda imperial se instaló en el ábside de la iglesia carolingia.
Al año siguiente, Viollet-le-Duc elaboró un presupuesto para la restauración general de la abadía. Estas obras de restauración incluían el rebaje del suelo del edificio, que aún no había sido devuelto a su nivel original, la restitución del antiguo trazado de la escalera y el acceso a la cripta, así como al coro elevado.
Las tumbas y las efigies funerarias volvieron a encontrar su lugar en el transepto y el altar mayor de los Santos-Mártires fue devuelto a su lugar original en el ábside circular del coro. Además, el arquitecto proyectó reconstruir la fachada occidental, como se desprende de su dibujo de enero de 1860. El presupuesto global fue aceptado, a excepción de la reconstrucción de la fachada occidental y de varios añadidos, ya que estas obras eran demasiado costosas. En 1872, la nueva capilla fue demolida y se construyó una estufa en su lugar.
Finalmente, el 10 de octubre de 1875, la iglesia-abadía fue devuelta al culto tras 70 años de obras de reforma y renovación.
Viollet-le-Duc murió el 17 de septiembre de 1879.