La ubicación de la isla conocida como Ile-Saint-Denis le confiere un aura extraordinaria, ya que el Sena determina su vida social y económica. Esta gran tierra en forma de media luna, encajonada entre dos brazos del río, las bucólicas orillas que en su día inspiraron a Manet y Sisley, hacía tiempo que se había asimilado a Saint Denis. Sin embargo, aunque la antigua aldea dependía en realidad de la jurisdicción de los abades de Saint-Denis, Ile Saint Denis había sido siempre una aldea y, después, una ciudad independiente con su propia administración. Ile-Saint-Denis es la única isla fluvial con entidad municipal en Francia.
Hasta el siglo XVIII, los habitantes de Ile Saint Denis no tenían ni iglesia ni capilla. Dependían de la parroquia Saint Marcel de Saint Denis. Esto hacía que el culto fuera muy incómodo para ellos, ya que la capilla estaba muy lejos y la forma de llegar a ella sólo era posible por agua. La misa dominical, las ceremonias de defunción o cualquier otra ceremonia seguían siendo imposibles sin un barco. Tras presentar varias solicitudes, los isleños recibieron en 1620 la autorización del cardenal de Retz para construir una capilla que, en un principio, iba a ser una especie de anexo de la parroquia de San Marcel. La nueva capilla era dirigida por el sacerdote de la parroquia madre. Esta solución incontestable se convirtió rápidamente en un inconveniente y el cardenal resolvió convertir la capilla en una iglesia parroquial. Se nombró un párroco para regirla y, en junio de 1668, el antiguo "anexo" se convirtió oficialmente en cura (oficio eclesiástico) bajo la advocación de San Sebastián.
La primera iglesia de Ile-Saint-Denis, la de San Sebastián, se encontraba en pésimas condiciones. El 5 de octubre de 1807, el municipio de Ile Saint Denis votó una subvención en su presupuesto para comprar material y hacer reparaciones en el edificio con el fin de poder celebrar el culto en mejores condiciones, pero también para permitir a los habitantes de Ile Saint Denis refugiarse con sus pertenencias y su ganado durante las grandes crecidas del río Sena.
El 7 de enero de 1826, se reunió el consejo parroquial (encargado de la administración financiera del mantenimiento de la iglesia) compuesto por los concejales del pueblo, entre ellos el alcalde, el Sr. Descoins, y el Sr. Butigier, cura de Ile-Saint-Denis y de Saint-Ouen. En esa ocasión, se puso de manifiesto que las lamentables condiciones de los ornamentos y del equipamiento de la iglesia hacían imposible cualquier ceremonia religiosa digna de ese nombre. La parroquia se encontraba en un estado de total deterioro. El propio prefecto del Sena llamó la atención al ministro del Interior señalando que "la iglesia de la ciudad de Ile Saint Denis (que) es una de las más pobres en cuanto al interior, y los pocos ornamentos que tiene para el culto están en un estado tan lamentable que deja a la autoridad eclesiástica y a los fieles particularmente apenados". El prefecto pidió que se salvara la parroquia. El ministro del Interior respondió favorablemente a esta petición y puso a disposición de la cura de Ile Saint Denis la cantidad solicitada.
Pero las obras de reparación fueron insuficientes. El aumento de la población exigía la ampliación del edificio. Esta ampliación fue difícil porque "varias partes del mismo estaban desgastadas hasta los cimientos, de ahí la necesidad de demolerlo y construir una nueva iglesia" En 1830 se decidió la reconstrucción total del edificio. Como el edificio presentaba un peligro real, el prefecto ordenó la destrucción inmediata del campanario y la colocación de puntales en otras partes de la iglesia. La primera piedra del nuevo edificio de culto se colocó el 18 de octubre de 1830. Para ahorrar dinero, se utilizó el material del antiguo edificio para levantar el nuevo bajo la dirección del arquitecto Guénepin. El 13 de septiembre de 1832 se inauguró la nueva iglesia.
En 1859, menos de treinta años después de la inauguración de este nuevo edificio religioso, la iglesia ya se había quedado pequeña. Se necesitaba un edificio más grande, pero los habitantes se contentaron al principio con hacer algunas reparaciones. Pero esto no podía durar siempre. La gente estaba disgustada. La población pasó de 214 personas en 1801 a 1730 en 1881. Había que construir una nueva iglesia. Se realizó un estudio para evaluar los gastos. Todo el mundo se implicó: la ciudad, el departamento, los ministros religiosos, el arzobispo de París y... los feligreses. Una gran ceremonia inauguró la nueva iglesia el 14 de septiembre de 1884. Bajo la advocación de Saint Pierre, quizás por los pescadores que constituían la parte esencial de la población de Ile-Saint-Denis.
El edificio era de estilo neorromano, de moda en aquella época para "volver" a la Edad Media, como se pudo comprobar con la construcción de la iglesia Saint-Denis-de-L'Estrée (1864 a 1867) por Viollet-le-Duc (que entonces dirigía la restauración de la catedral basílica de Saint-Denis).
La fachada de la iglesia Saint-Pierre se abría al Sena. La estrechez de sus aberturas, su torre cuadrada perforada por dos vanos coronados por un arco de medio punto, son elementos explícitos de este retorno a la Edad Media. La navegación interior, omnipresente en la vida de los habitantes de Ile-Saint-Denis, lo era también para el lugar de culto de los feligreses. Así, las pilas bautismales de la iglesia Saint-Pierre, de bronce, tienen forma de proa de barco. Un exvoto que contiene un barco fue donado a la parroquia a principios del siglo XX por un barquero belga en referencia a un deseo concedido. Aunque la navegación interior experimentó un declive, la iglesia de Saint-Pierre simboliza y sigue siendo un lugar de culto para los barqueros.