El primer santuario conocido en la actual Aulnay es la iglesia parroquial de Savigny, Notre-Dame-de-Savigny, que fue abandonada en favor de la de Aulnay. Construida sobre las ruinas de un antiguo priorato, la iglesia de San Sulpicio de Aulnay-sous-Bois fue construida en el siglo XII por canteros que trabajaban para la abadía benedictina de Cluny de la que dependía la parroquia.
En el siglo XI, una carta redactada entre 1061 y 1095 menciona la donación de la iglesia de Aulnay, de tierras, de medio bosque y de dos molinos a la abadía de Cluny. El documento está firmado por Vautier (Gautier), señor del lugar, su esposa Adelina y sus dos hijos. Radulf (Raúl) de Alneto, hermano de Vautier, confirma esta donación mientras la abadía está bajo la dirección del abad Hughes (1049-1109). Vautier y Ranulf eran los dos hijos de Pierre d'Aulnai, el primer señor conocido de Aulnay-sous-Bois.
Con la aprobación del rey Felipe I (1053-1108), el obispo de París autorizó la construcción de una primera iglesia. Algunos de los materiales de este primer edificio fueron reutilizados en el siglo XII para la construcción de un priorato en forma de cruz latina. El santuario y el coro de la iglesia actual datan de esta época..
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