Cuando llega a la obra de la basílica de Saint-Denis en 1846, el arquitecto Eugène Viollet-le-Duc suscita una polémica sobre los trabajos de restauración realizados por François Debret. El desmontaje de la aguja no es la causa directa por la que se apartó a Debret, sino que fue un pretexto.
Entre las obras realizadas por Jacques-Guillaume Legrand (1743 - 1818), decide en 1806 elevar el suelo de la nave hasta el nivel del patio. Para ello, crea nuevas gradas gracias a los añadidos de los pilares. Es posible que, debido a ello, los pilares se hayan debilitado.
El siguiente arquitecto, Jacques Cellérier (1742 - 1814), construye un "ch½ur d'hiver" (coro) para los canónigos. Apoyado en la obra medieval, el monumento desestabiliza toda la estructura. François Debret encontrará una solución en 1834.
En 1937, el repuesto norte es alcanzado por un rayo. Los daños son tan importantes que el consejero de Estado Jean Vatout, presidente del Conseil des bâtiments civils (Consejo de edificios civiles) sugiere liberar excepcionalmente dinero para arreglar la torre. Las obras comenzarán inmediatamente y durarán cuatro meses (117 días exactamente).
El 14 de junio de 1841, François Debret acude a la Comisión de Monumentos Históricos, donde se le critica. Se le acusa de emplear un modo de restauración atroz. Louis Lenormant, su acusador más violento, dice que Debret ha arruinado el primer monumento de Francia y exige que Debret sea puesto bajo supervisión administrativa sin divulgar el caso por temor a la pérdida de la contribución monetaria del Estado.
Unos días más tarde, Jean Vatout, Prosper Mérimée y Louis Lenormant visitan Saint-Denis para redactar un informe detallado para el Secretario del Interior. Aunque critican con firmeza el trabajo de Debret en materia de decoración, elogian el trabajo de consolidación del repuesto norte que se supone extremadamente difícil de realizar.
En 1842 y 1843, los "huracanes" dañan la mampostería. El 19 de agosto de 1845, hacia las 13 horas, el tornado de Montville, formado en el departamento de Seine-Maritime, llega a Saint-Denis y destruye la torre norte.
Un año más tarde, Jean Vatout y los miembros del Conseils des bâtiments civils observan que los muros de la torre se están desmoronando y piden que se desmonte el repuesto para evitar cualquier destrucción. Debret comenzará las obras el 6 de marzo de 1846.
¿Es necesario reconstruir la aguja? Es una pregunta que se hace justo después de su desmontaje. El inspector general Biet declara no tener una opinión precisa pero preconiza la demolición de la torre norte en interés del portal de Saint-Denis.
El Conseil des bâtiments civils comparte esta idea y ordena la demolición de la parte superior de la torre.
Sin embargo, François Debret dimite. El arquitecto de 69 años está cansado y fallecerá cuatro años después. Su dimisión parece deberse a las constantes críticas contra él. El recambio reavivó la disputa. En un artículo publicado el 10 de febrero de 1846 en el Constitutionnel, Prosper Mérimée escribe, sin nombrarlo, que Debret demostró falta de experiencia y que el problema del repuesto no se habría producido bajo la dirección de un arquitecto especializado.
Dado que Mérimée no es un especialista en arquitectura, algunos historiadores del arte piensan que un "arquitecto experimentado" podría haber suscrito estas palabras y que podría ser el propio Viollet-le-Duc. Además, el arqueólogo Adolphe Napoléon Didron participa en el movimiento contra Debret en sus artículos en los Annales archéologiques, diciendo que no queda ninguna autenticidad en la basílica.
Al mismo tiempo, Henri Janniard (1798 -1863), director de la revista de arquitectura y obras públicas, publica un alegato a favor de Debret atribuyendo la construcción original al fracaso de la torre norte.
Aunque se hayan cometido errores, parece que esta querella es en realidad un enfrentamiento entre dos tendencias. Por un lado, la joven Inspection Générale des Monuments Historiques (Inspección General de los Monumentos Históricos) más bien monárquica, creada por François Guizot y dirigida por Prosper Mérimée, en la que participan alumnos como Viollet-le-Duc. Por otro lado, el Instituto, heredero de las Academias del Antiguo Régimen, cercano al Imperio, al que pertenecía François Debret, nombrado por Napoleón Bonaparte.
La Inspection générale des Monuments Historiques (Inspección general de los lugares históricos) es creada en 1830 por François Guizot. Su misión es clasificar y asignar fondos para el mantenimiento y la restauración. El primer inspector es Ludovic Vitet, que dimite en 1834. Le sucederá Mérimée.
En 1837, la Commission Nationale des Monuments Historiques (comisión nacional de lugares históricos) se une a la Inspection Générale des Monuments Historiques. Su objetivo es enseñar a los futuros arquitectos a trabajar en los monumentos. En 1840, la comisión publica su primera lista con 1.082 monumentos que incluyen 934 edificios. La Basílica de Saint-Denis es uno de los primeros monumentos clasificados como Monument Historique.
El Instituto Nacional, fundado en 1795, reúne la Clase de Literatura y las Bellas Artes. Esta última se convierte en la Académie des Beaux-Arts en 1816. Ofrece enseñanza, organiza oposiciones, entre ellas el premio más renombrado de Roma. François Debret es elegido director de la Académie des Beaux-Arts en 1825.
Debido a que la obra de la Basílica de Saint-Denis es la más importante del siglo XIX, especialmente con la restauración de las vidrieras, todos quieren encargarse de ella.
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