El 24 de agosto de 1790, Luis XIV de Francia promulga un decreto que instituye la Constitución Civil del Clero. Entre las nuevas normas vinculadas a este decreto, los eclesiásticos, como los monjes, ya no pueden celebrar el oficio. El 14 de septiembre de 1792, los miembros de la iglesia de Saint-Denis celebran su último servicio y la abadía se convierte en iglesia parroquial. Al año siguiente, las bóvedas reales son profanadas, los restos de los reyes y reinas son arrojados a las fosas comunes y la iglesia es abandonada.
Napoleón Bonaparte, que desea transformar la iglesia de Saint-Denis en imperial, va a cambiar el destino del edificio y estará en el origen de la restauración de la antigua abadía, a partir de 1805. En primer lugar, va a restablecer los servicios en el interior de la basílica. La primera ceremonia tiene lugar en la nueva sacristía de la abadía, el 18 de enero de 1817, día de la última exhumación de los Reyes de Francia.
A pesar del deseo de Napoleón Bonaparte, Saint-Denis nunca se convertirá en una casa-abadía y la familia imperial no será enterrada allí. Sin embargo, participa activamente en la restauración de la abadía.
Primer general, Napoleón Bonaparte obtiene el poder gracias al Golpe de 18 Brumaine (9 de noviembre de 1799) que derroca al Directorio francés (1795 - 1799). La constitución del Golpe del 18 Brumaine establece un sistema autoritario dirigido por el Primer Cónsul, Napoleón Bonaparte, cónsul sagrado vitalicio el 2 de agosto de 1802. El 18 de mayo de 1804, Bonaparte es nombrado emperador y sagrado el 2 de diciembre. La conoración tiene lugar en la catedral de Notre-Dame, en presencia del Papa Pío VII. ¿Por qué Napoleón Bonaparte se acerca a la Iglesia Católica?
Desde la Constitución Civil del Clero instaurada por la Revolución, la cuestión religiosa envenena la sociedad francesa. Justo después del Golpe de Estado del 18 de Brumaine, esta cuestión se convierte en una prioridad que Bonaparte debe resolver. El Concordato, de acuerdo con el Primer Cónsul, aprueba el catolicismo como religión de la "mayoría de los franceses", y no como religión de Estado (1801). Este acercamiento entre Napoleón Bonaparte y la Iglesia es un compromiso, pero es primero un cálculo político.
La coronación imperial es un acontecimiento único en la historia de Francia. Para mostrar su poder, Napoleón Bonaparte no va a ser coronado en Roma, como es habitual. Es el Papa Pío VII quien acude a la ceremonia. Aunque Napoleón Bonaparte haya decidido coronarse a sí mismo (porque se niega a obtener el poder de otra persona que no sea él), esta coronación le permite situarse por encima de los reyes europeos gracias al Papa, dando una dimensión legítima y moral al Imperio.
El Imperio, que sustituye a la República Francesa, se enfrenta a una evolución lingüística. La palabra ciudadano, nacida durante la Revolución, desaparece de la lengua oficial. Aparecen o reaparecen otras palabras como Señor o Su Majestad Imperial. El Emperador no habla de su pueblo francés sino de su pueblo.
Sin embargo, ese no es el único cambio. También se producen cambios más profundos: nuevos títulos que crean una nueva jerarquía, con nuevos trajes de ceremonia de seda, terciopelo y oro, ingresos según el título, el modo de vida... El Imperio exige la creación de escudos imperiales y objetos simbólicos, creando una pseudo-tradición. Joséphine de Beauharnais se convierte en emperatriz, Laetizia Bonaparte es ahora Madame Mère de l'Empereur y los hermanos de Napoleón son príncipes de la casa imperial.
Napoleón Bonaparte intentará construir un panteón familiar imperial en la iglesia de Saint-Denis, una antigua abadía que se convirtió en iglesia parroquial en 1792.
Como símbolo del poder monárquico, Saint-Denis se convierte en el memorial de las cuatro dinastías que reinaron en Francia. En 1805, Napoleón Bonaparte establece un proyecto para crear una cripta imperial para él y sus descendientes en la antigua basílica. El 20 de febrero, solicita el estado de la abadía y, dos días después, el Ministerio del Interior inicia la restauración: reparación del tejado, pavimentación del suelo y limpieza de las criptas y bóvedas.
El 22 de junio de 1807, Napoleón Bonaparte se encuentra en Tilsit, donde debe firmar un tratado secreto con Alejandro I de Rusia. Allí se enterará de que su sobrino y heredero putativo, Napoleón Carlos Bonaparte, hijo de su hermano Luis I de Holanda, acaba de morir. Escribe a Jean-Jacques Régis de Cambacérès, duque de Parme y archicanciller, para que acelere las obras de restauración de la basílica. En efecto, el Emperador desea colocar allí el cuerpo de su sobrino. A la espera de la nueva bóveda imperial, el cuerpo de Napoleón Carlos es colocado en una capilla de Notre-Dame de París.
En 1811, Napoleón Bonaparte hace grabar en tablas de bronce los nombres de los reyes cuyos restos se encuentran en Saint-Denis, pero no devuelve los monumentos funerarios a su lugar. Además, Bonaparte piensa que el proyecto de decoración de la nueva sacristía, compuesto por 10 lienzos que tratan de la historia de Saint-Denis y de él mismo, borrará la huella de la violencia revolucionaria al eliminar el recuerdo de los Borbones.
En Notre-Dame de París, el cuerpo de Napoleón-Charles sigue esperando su traslado a Saint-Denis. Sin embargo, con la llegada de los Borbones y de Luis XVIII de Francia (durante la primera Restauración de 1814 - 1815), deciden devolver los restos reales a la basílica. Napoleón-Charles descansa ahora en la iglesia de Saint-leu-la-Forêt.
Napoleón Bonaparte no será enterrado en Saint-Denis. Exiliado en la isla de Sainte-Hélène tras su segunda abdicación, Napoleón desea en su testamento ser enterrado junto al Sena, entre el pueblo francés que tanto amaba. Su cripta se encuentra en el Dôme des Invalides de París.
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