Desde su construcción a principios del siglo XIII, la catedral basílica de Saint-Denis ha sufrido muchos daños. Daños causados por el tiempo, pero también por el hombre. La principal destrucción en el interior tuvo lugar durante la profanación de las tumbas reales por los revolucionarios de 1793.
En 1793, la Convención Nacional ordenó la destrucción de todos los signos del feudalismo y de las tumbas nobiliarias y reales en todos los edificios de la República. El 31 de julio de 1793, Barère, ante la Convención Nacional, y con el pretexto de recuperar el plomo de los ataúdes, propuso atacar las "cenizas inmundas" de los tiranos para celebrar el primer aniversario del asalto a las Tullerías el 10 de agosto. Al día siguiente, mediante el decreto del 1 de agosto de 1793, se decidió que: "Las tumbas y mausoleos de los antiguos reyes, montados en la iglesia de Saint Denis, en los templos y en otros lugares, en toda la República, serán destruidos el 10 de agosto".
Violación de las tumbas reales de Saint-Denis Hubert Robert (Museo Carnavalet, París)
En Saint-Denis, la profanación se produjo en dos ocasiones. Primero, entre el 6 y el 8 de agosto, los monumentos funerarios de los reyes merovingios y carolingios fueron destrozados. Luego, el sábado 12 de octubre, volvieron los obreros que habían sido elegidos para realizar este trabajo. El monumento funerario de Turenne, mariscal de Francia, muerto por una bala de cañón en 1675 en la batalla de Sasbach, había sido erigido en la basílica en 1683. Fue el primero en ser destruido. Tras el féretro de Turenne, los obreros martillearon la bóveda de los Borbones para acceder a ella rompiendo un muro. Bajo la vigilancia del hábil marmolista François-Joseph Scellier, de varios comisarios de la convención y de delegados de la Comisión de Bellas Artes, los obreros empezaron por atacar el ataúd de Enrique IV. Durante varios días estuvo expuesto en posición vertical en la Basílica, a la vista de los curiosos.
Dos meses más tarde, el lunes 14 de octubre de 1793, comenzó verdaderamente la profanación de la bóveda del Borbón. Al abrir el féretro emplomado de María de Médici, segunda esposa de Enrique IV, se encontraron algunos huesos flotando en el barro. Dos o tres obreros los sacaron con palas para recuperar el plomo. Durante este tiempo, según relató más tarde un testigo presencial, Henri-Martin Manteau (amigo de dom Druon, ex-rector de la abadía de Saint-Denis que se había convertido en archivero de este lugar), se lanzaron insultos contra los restos de la desdichada reina a la que acusaban de haber asesinado a su marido. Algunos de ellos arrancaron los mechones de pelo que aún quedaban adheridos al cráneo y los hicieron circular. Los obreros se dirigieron entonces a la tumba de Ana de Austria. En su ataúd encontraron un cuerpo putrefacto envuelto en una tela muy gruesa y roja. Era el traje de la Tercera Orden de San Francisco. Después les tocó el turno a Luis XIII y Luis XIV.
Una vez retirados los monumentos funerarios de piedra o de mármol o destrozados en el suelo, se encontraron varios cuerpos en estado de putrefacción o reducidos a polvo, mientras que otros se conservaban perfectamente. Se cavó una tumba hueca, se sacaron los cuerpos de sus ataúdes y se arrojaron allí los restos de tres generaciones de reyes, entre muchos gritos de alegría. Los espectadores querían guardar un recuerdo de este día memorable. Aquí y allá arrancaban un diente, un pelo del bigote, una uña o un mechón de pelo. Frédéric Lewino y Gwendoline Dos Santos, en su artículo sobre la profanación de las tumbas reales de Saint-Denis, publicado el 14 de octubre de 2012 en la página web de Le Point, escriben que un tal Charles Brulay (receptor de los dominios -recaudador de impuestos en Saint-Denis en 1793-) se apoderó de la mandíbula de Dagoberto, de una sección del cráneo de San Luis, de los dientes de Enrique III, del pelo de Felipe Augusto y de la pierna de Catalina de Médici.
La profanación continuó el 16 de octubre a las 7 de la mañana. Veintiún ataúdes fueron abiertos ese día y sus ocupantes arrojados a la fosa. Según Frédéric Lewino y Gwendoline Dos Santos, un testigo presencial describió la escena así "La mayoría de los cuerpos estaban en descomposición. Se desprendía un vapor negro, espeso y maloliente, que intentaban disipar desesperadamente con vinagre y polvo que habían tenido la precaución de quemar, lo que no impidió que los obreros se sintieran mal y con fiebre, pero sin consecuencias".
La multitud que se reunía en torno a las exhumaciones dificultaba mucho el trabajo de los obreros. Además, el Consejo Municipal de Franciade, nombre dado al municipio de Saint-Denis durante la revolución, decidió cerrar la basílica a "las personas que no participaran en los trabajos", pero esta decisión no se llevó a cabo.
Los cuerpos de más de 170 personas (46 reyes, 32 reinas, 63 miembros de la realeza de sangre, 10 sirvientes reales y dos docenas de abades de Saint-Denis) también fueron arrojados a dos grandes fosas (una para los Valois y las "primeras razas", es decir, las dinastías anteriores, la otra para los Borbones) excavadas en el cementerio de los monjes adyacente al norte de la Basílica, y luego, cubiertas con cal viva y tierra.
Bajo la restauración borbónica (de 1815 a 1830), Luis XVIII recuperó los restos de su hermano Luis XVI y de María Antonieta en el cementerio de la Madeleine y los devolvió para su enterramiento en Saint-Denis en el transcurso de una grandiosa fiesta funeraria en enero de 1815 (aniversario de la muerte de Luis XVI).Luego, en 1817, tras una semana de búsqueda ordenada por Luis XVIII, los obreros guiados por el marmolista François-Joseph Scellier descubrieron las tumbas del cementerio de los monjes. Debido a la rapidez de la cal, los cuerpos no pudieron ser identificados y los huesos reales de los predecesores de Luis XVIII fueron reunidos el 21 de enero de 1817 y enterrados de nuevo en la cripta de la Basílica. Se colocaron en un osario, detrás de dos placas de mármol con los nombres de los cientos de miembros de las sucesivas dinastías reales.
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