En 1814, Luis XVIII subió al trono. El rey encargó un trabajo incesante para devolver a la basílica su encanto de necrópolis real. Primero ordenó buscar en el cementerio adyacente las cenizas de los reyes exhumados por las autoridades revolucionarias. Tras una semana de trabajo, se desenterraron varios restos reales y se colocaron en un osario, que aún hoy puede verse en la cripta.
El 21 de enero de 1815, día del aniversario de la muerte de Luis XVI, decidió trasladar a Saint-Denis, con gran ceremonia, desde el cementerio de la Madeleine (actual Chapelle Expiatoire) las cenizas del rey guillotinado y de María Antonieta. También hizo devolver los restos de Luis VII y de Luisa de Lorena, la esposa de Enrique III. Las seis lápidas de mármol de la cripta fueron realizadas en 1975 como testimonio de los nuevos entierros. Una de ellas, sin inscripción, estaba destinada a señalar la tumba de Carlos X, hermano de Luis XVI y Luis XVIII, que murió en el exilio en 1836 y fue enterrado en un monasterio de la actual Eslovenia, cerca de Gorizia. Hace unos años se pretendía devolver sus cenizas y restos, pero el plan quedó en nada.
El 8 de junio de 2004, el Mémorial de France organizó la colocación, durante una misa mayor, de lo que se suponía era el corazón de Luis XVII, hijo de XVI y María Antonieta, en la cripta de la familia Borbón. La fecha simbólica fue elegida como conmemoración de la muerte del "niño del Templo" el 8 de junio de 1795, o sea el 20 del Año Prairial II del calendario revolucionario. El corazón descansa ahora en el cenotafio construido a petición de su tío y sucesor Luis XVIII.
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