El primer "mausoleo" se construyó hacia el año 475, probablemente por encargo de Santa Genoveva, que era especialmente devota de San Dionisio. El desarrollo de una necrópolis condujo a la ampliación de la iglesia en los siglos VI y VII. Numerosos aristócratas francos, en su mayoría mujeres, fueron enterrados lo más cerca posible del santo.
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El descubrimiento, en 1959, de un sarcófago que contiene los restos de la reina Arégonde, nuera de Clodoveo, fallecida en la segunda mitad del siglo VI, demuestra el poder de atracción del santuario. Las joyas encontradas en la tumba se encuentran en la colección del Louvre.
50 años después de la muerte de Arégonde, en el año 639, el rey Dagoberto se convirtió en el primer rey franco en ser enterrado en la basílica de Saint-Denis. Algunos merovingios y carolingios también fueron enterrados allí, en particular Carlos Martel, Pipino el Breve y Carlos el Calvo.
El rey Dagoberto se distinguió por hacer generosas donaciones a la abadía, y la leyenda cuenta que creó la feria de Saint-Denis que se celebraba cada mes de octubre y que era una fuente de gran riqueza para el monasterio.
Pipino el Breve, hijo de Carlos Martel, fue ungido por el papa Esteban II en Saint-Denis en julio de 754, sellando la alianza entre los reyes francos y el papado. Fue el primer soberano coronado como imagen de Dios en la tierra. Este gran rey hizo reconstruir la iglesia siguiendo el modelo de los edificios romanos conocidos como basílicas. Con un techo de madera y decenas de columnas de mármol, se decoró con miles de lámparas de aceite. Se añadió una cripta por primera vez y, hasta el siglo XII, albergó las reliquias de San Dionisio. Los vestigios de aquel martirio de estilo romano, con pinturas que imitan el mármol, todavía pueden verse hoy en día.
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